В смысле первые случаи неразличения "ъ/о" и "ь/е" появляются задолго после возникновения бытовой системы письма? Не может быть такое, что оригинальных рукописей той эпохи просто слишком мало, чтобы зафиксировать ошибки?
Скажем, смешение безударных -ы- и -а- в современном русском тоже редко когда проявляется на письме (особенно во флексиях), однако, оно есть.