Не думаю. Фонемы /f/ не было в восточнославянских языках достаточно долго, как и её звонкой контрпары. Образованные люди, знавшие, к примеру греческий произносить её вероятно умели.
Образованные по книгам, но не контактировавшие с греками сами, могли с десятых рук получить несколько видоизмененное греческое произношение. Так, украинская буква Ґ [g] происходит от «греческой гаммы», введенной Смотрицким как отдельная от Г [ɣ] буква — Смотрицкий знал о различии в произношении у славян и греков, но, видимо, неправильно себе представлял, как именно греки и соседствующие с ними славяне ее произносят, фрикативный и взрывной поменялись местами. Так что Ф и Ѳ, вероятно, тоже звучали несовсем по-гречески. Возможно, их как-то различали, произносили по-разному (так, Ф могло превращаться в П: Пилип, чего с Ѳ обычно не происходило), но точность фонетического воспроизведения по мере удаления от греков падала. Будь у восточных славян практика произносить Ѳ как Т, это как-то отразилось бы в давно усвоенных грецизмах (в первую очередь, христианских именах).