Вы имеете в виду из *jā 
я имел в виду именно *ja, но не ие., а уже греч. дописьм. Мы это точно знаем, потому что рефлексы были разными по разным диалектам. То же *kja дало -ττα в аттическом, но -σσα в ионическом. Вряд ли можно постулировать разные этимоны на общегреческой стадии. 
А вот откуда оно появилось на общегреческой стадии - интересный вопрос. Ваше решение -Cjā > -(C)Ca несомненно имело место, но оно не объясняет все слова. Как Агниус указал, часть этих слов из *-ih
2. На ум приходит слово δεσποῖνα госпожа.
 Правда, μοῖρα и θάλαττα/θάλασσα считаются субстратными.
 Правда? Мне всегда казалось, что μοῖρα представляет тот же ие. корень, что и рус. мера  
