Там не поэтому. В Presto со шрифтами какой-то глюк, если подставляется для найденного символа новый шрифт, то этот шрифт продолжается дальше на всё слово или до следующего подставляемого шрифта.
А так как глифа ὖ в Ариале нет, подставляется шрифт Aegean (и это я не понимаю, почему, в настройках Palatino Linotype прописан), а в нём все греческие буквы прописные на вид, отличаясь только размером.