Формального запрета на католическую церковь византийского обряда после 1905 г. не было, первый такой храм открылся в Мск в 1912 г. емнип, но на практике разного рода препятствия российским греко-католикам чинились.
10 (23) февраля 1913 года в церковь Святого Духа вместе с нарядом полиции вошёл викарный епископ Санкт-Петербургской православной епархии Никандр. Он прервал службу, сказал собравшимся, что их обманывают, и провозгласил анафему тем, кто не выйдет вместе с ним. Но никто не вышел, и о. Иоанн Дейбнер спокойно продолжил службу.
21 февраля (6 марта) 1913 года церковь Святого Духа закрыли и опечатали. Отец Алексей перебрался служить в часовню при соборе св. Екатерины на Невском проспекте. Тем не менее, службы в церкви Святого Духа продолжали тайно совершаться, так как кроме опечатанного входа в неё имелся также вход из соседней квартиры, где жил о. Иоанн. Обычно дверь была заставлена шкафом, поэтому полиция её не заметила. На Пасху 1914 года службы были совершены в опечатанной квартире с завешенными коврами окнами и дверьми[3].