С Jupyter-ом я немного работал, не фанат.
Главный недостаток - написанное в ноутбуке трудно переиспользовать. Только открыть этот самый ноутбук, щёлкнуть это самое определение, и оно будет доступно в этом ноутбуке и больше нигде. Поэтому для себя я сформулировал такое правило: сколько-нибудь серьёзный код писать в файле и загружать этот файл в ноутбук для интерактивных экспериментов.
Ещё некоторые неудобства происходят из того, что по своей натуре питон не очень годится для интерактивной работы. Перезагружать определения индивидуально нельзя, только модуль целиком. Переопределить из ноутбука определение, данное в файле, нельзя.
Время от времени ядро ноутбука падало, приходилось перезапускать питон и восстанавливать определения.
Как текстовый файл ноутбук нечитаем, с гитом плохо сочетается.
Достоинства:
1. На безрыбье и рак рыба.
2. Можно картинки рисовать.