Потому, что "мягкие" (палатализованные по-научному) русские (и японские, кстати, тоже) согласные в западных практических транскрипциях передаются как сочетание обычного согласного + y.
То есть бь → by, вь → vy, гь → gy и так далее.
Исключение только для сочетаний с последующим i.