Я не совсем понял как различаются /ε/, /e/ и /æ/ на письме.
/e:/ - ė
/æ:/ - ę, ią, а так же e, ia под ударением (исключения - ниже)
/æ/ - e, ia не под ударением, а так же под ударением в а) основе инфинитива и производных от нее формах, б) ударных окончаниях -e, -ia, -es, -ias, -iasis, в) односложных служебных словах, г) может я еще что забыл
/ε/ - в заимствованиях
nèšti, nèšk, nèš, nèšiu, nèštų /æ/ - от основы инфинитива (нести, неси, будет нести, буду нести, он нес бы)
nẽša - /æ:/ - настоящее время (несет)
nès /æ/ - так как, потому что (служебное слово)
mẽs /æ:/ - мы (знаменательное слово)
prẽkė /æ:/ товар (сущ, под ударением)
prekès /æ/ товары (в.п. мн.ч.)
žãlias /æ/ зеленый (без ударения)
žaliàs /æ/ зеленые/зеленых (в.п. мн.ч. ж.р.)
žaliàsis /æ/ зеленый (местоименная форма)
universitètas /ε/