Т.е. "i" между согласным и гласным это всегда смягчение согласного?
да
В литовском нет сочетаний "и" + гласный как в слове "ион", например?
именно это слово по-литовски jonas, собственно нет проблемы. Если вы намекаете на польские танцы с бубнами, то в таких случаях пишется i + j + гласная, напр. chemija
А как быть с долготой гласного, с ударением, как понимать где дифтонг, а где стечение гласных? 
долгота гласного всегда очевидна, а если она и может быть неочевидна (в случае а/е), то она становится очевидна от вида ударения. Поэтому стандартно литовские словари - с проставленным ударением, которое однозначно показывает долготу.
Может для носителей словарь и бесполезен, а для изучающих точно лишним не будет.
хватает проставленного ударения, см. выше
