и как из значения «класть» выводится перифраза хабитуалиса прошедшего времени?
Может быть, что тут нет никакой связи суффикса с глаголом «класть», хотя кто знает, какие у него были значения, когда формировался хабитуалис в литовском. Кстати, литовский является единственным языком в Европе с аффиксальным хабитуалисом, в латышском этот аспект аналитический.