I was reading a newspaper when he wanted to go to the room
у вас какоe-то неграмматичное предложение, я исправил на то, что вы имели в виду (как мне кажется). Если я исправил неправильно - скажите. Даже в таком виде оно корявое, и дело даже не во времени. Глаголы восприятия и модальные по своему aktionsart - Continuous, но грамматически это выражается формой Simple. В результате получается, что оба процесса одновременны: и моё чтение, и его хотение. Вряд ли вы это хотели сказать? Однако даже если и так, то это не так выражается:
All this time, while I was reading a newspaper, he wanted to leave. Как-то так
Второе предложение мне кажется просто неправильным. Если вы по-русски имеете в виду "я читал", то нужен Continuous c while: While I was reading a newspaper, he was going...
А если вы имеете в виду "Когда я прочитал", то нужно after - After I read/ finished reading, he went...