В японском [ɯ] стоит на месте У и обозначается через него же. Поскольку это как раз один из звуков, средних между [i] и [u]; второй такой звук — это [y], и неудивительно, что буквой y могут обозначаться как они оба, так и столь же чуждый /ы/, буков-то не хватает, а различать чужеродные звуки нахрен никому не надо.
А /ы/ тоже исторически происходит из *ū в русском, тем не менее фонетически чередуется с /i/.
В итоге имеем тотальную путаницу в обозначениях [i], [ɨ], [ı], [ɯ], [u] и ещё [ə] до кучи вместе со всем его окружением.
