Тут важно, что является темой, а что ремой. Собака или что-то в этом роде была известна по контексту? Кстати, в русском языке актуальное членение предложения может выражаться не только порядком сов, но и интонацией, что никак не выражается на письме.
По-моему, «известна по контексту» — это скорее про определённость/неопределённость, а не про актуальное членение. Тема — это совокупность уже высказанной информации, а не отдельных объектов.
Если до этого обсуждались страхи говорящего, то "я" и "боюсь" будут темой, а "её" — ремой. Если речь шла о его взаимоотношении с этой собакой, то темой будут "я" и "её", а ремой — "боюсь". Так или иначе, лично в моей речи "её" может попасть в конец только в том случае, если темой будет всё предложение целиком, а на глаголе будет стоять логическое ударение, т. е. когда говорящий захочет подчеркнуть правдивость высказывания.