Есть в балтийских языках пласт субстратной лексики из неизвестных языков как в германских?
Есть, причём часто эти слова дублируются и в германских и в славянских:
obuolys - apple - яблоко;
rugiai (PL) - rye - рожь;
sidabras - silver - серебро;
volungė - нид. wielewaal - иволга.