Наверно, мы о разном говорим.
Например, для Эпикура ударения и придыхания - анахронизм. (Да?) Однако современный издатель пишет οὐθὲν, а не ουθεν. В этом смысле орфография сознательно удаляется от эпикуровской.
Или древнеисландский. Нормализованная орфография - это плюс-минус орфография Раска. Она даже не пытается мимикрировать под орфографию древнеисландских рукописей, учитывая, что k используется вместо c.